pdfの保存先の話でしょうか。ReportsConnectアプリ内の「添付先」の項目を変更すれば保存先が変わるため特定のアプリの複数の箇所にpdfを保存できます。毎回の変更が手間であればReportsConnectアプリに設定の違う2レコードを予め保存してください。
(http://www.reportsconnect.com/dw/manual_kt.pdf 3-2)
同じアプリから複数のデザインで帳票出力したいという内容でしたら、ReportsConnectに2レコード作成し、それぞれの「添付ファイル」のjrxmlファイルを変更してください。